Spirit Island is een complex en thematisch coöperatief spel over het verdedigen van je eilandhuis tegen koloniserende indringers. Spelers zijn verschillende geesten van het land, elk met zijn eigen unieke elementaire krachten. Elke beurt kiezen spelers tegelijkertijd welke van hun krachtkaarten ze willen spelen, waarbij ze energie betalen om dit te doen. Het gebruik van combinaties van krachtkaarten die overeenkomen met de elementaire affiniteiten van een geest kan gratis bonuseffecten opleveren. Snellere krachten worden onmiddellijk van kracht, voordat de indringers zich verspreiden en teisteren, maar andere magie is langzamer en vereist voorbedachtheid en planning om ze effectief te gebruiken. In de Geest-fase krijgen geesten energie en kiezen ze hoe/of ze willen groeien: om gebruikte krachtkaarten terug te vorderen, om nieuwe kracht te zoeken of om aanwezigheid te verspreiden naar nieuwe delen van het eiland.
Het spel bevat verschillende tegenstanders om tegen te vechten (bijvoorbeeld: een Zweedse mijnkolonie of een afgelegen Britse kolonie). Elk verandert het spel op verschillende manieren en biedt een ander pad van moeilijkheidsgraden om het spel uitdagend te houden terwijl je vaardigheid ontwikkelt.