Net als in het originele digitale Minecraft-spel verkennen spelers in Minecraft: Builders & Biomes de bovenwereld, bouwen structuren en ontginnen grondstoffen, verdienen punten voor structuren en de grootste verbonden biomen van bos-, woestijn-, berg- of besneeuwde toendra-ruimtes op hun spelersborden.
Bekende vijanden zoals Endermen, Creepers en anderen verschijnen ook tijdens het spel en ze moeten worden verslagen met wapens die van het bord zijn verzameld. Het verslaan van mobs levert spelers punten op naast het toekennen van extra prijzen. Het scoren van vindt plaats naarmate de lagen van de grondstofkubus leeg zijn. Zodra de derde laag op is, eindigt het avontuur en wint de bouwer met de meeste punten.