In Star Trek: Captain's Chair neem je het op tegen een tegenstander die in de huid kruipt van een iconische leider uit de geschiedenis van het Star Trek-sterrenstelsel. Voer het bevel over schepen, bemanningen en teams, terwijl je middelen en allianties beheert!
Star Trek: Captain's Chair - Second Contact bevat drie nieuwe kapiteins die het kunnen opnemen tegen die in het originele spel, tegen die in To Boldly Go en tegen elkaar, maar je hebt wel gemeenschappelijke kaarten uit een van de basisspellen nodig. Twee van de kapiteins zijn Carol Freeman, kapitein van de U.S.S. Cerritos, en Christopher Pike, kapitein van de U.S.S. Enterprise, en je kunt ook Krulmuth-B toevoegen als startlocatie, waarmee je een portaal opent dat ruimte en tijd doorkruist!