In Ratten van Wistar speel je de rol van een van de vier ratten die de ontsnapping uit een laboratorium organiseerden. Als zodanig zul je je familie moeten leiden om te bewijzen dat jij het meest verdient om de hele kolonie te leiden. Dankzij je buitengewone vaardigheden kun je de boerderij verkennen totdat je de voorraadkast bereikt, waar je de smakelijke kaas kunt pakken; Door de artefacten te exploiteren die door mensen aan de rand van het bos zijn achtergelaten, doe je nieuwe uitvindingen en breid je je hol onder de bomen uit, graaf je nieuwe kamers en bouw je nieuwe bedden. Je ontmoet inheemse ratten en muizen die je in je familie zult verwelkomen, en indien nodig ga je op bezoek bij de Alchemist-muis om wat extra voordeel te behalen.
Het spel speelt zich af over 5 ronden (gelijk aan de 5 dagen waarin de uitdaging plaatsvindt) en je verdient als volgt overwinningspunten (OP's):
bedden bouwen
opgravingskamers
door missies binnen de boerderij op te lossen
verwelkom gastheermuizen
nieuwe uitvindingen bouwen
prestaties claimen
Aan het einde van het spel wint de speler met de meeste OP's.
