In Nuns on the Run zijn de meeste spelers novicen die 's nachts stiekem de grote abdij willen verkennen om hun "geheime wens" te vervullen. Ze sluipen door gangen op zoek naar sleutels en schatten. (Naar welke schatten kan een novice op zoek zijn? Verboden koekjes? Een zacht matras? Of verdovende middelen? Of een boek over hekserij)?
Terwijl ze door de abdij sluipen, moeten de novicen op hun hoede blijven voor de abdis of priorin, die op patrouille zijn om ervoor te zorgen dat de zuivere novicen zo blijven. Deze personages worden bestuurd door andere spelers die de novices willen inrekenen voordat ze weer in bed belanden.
Spelers spelen ofwel als novice, of als de abdis of priores. De novices bewegen zich in het geheim en voorkomen dat ze gezien of gehoord worden door de Abdis of Priores. Het doel is om de locatie op het bord te bereiken waar de novice haar "geheime wens" kan doen en terug te keren naar hun kamer zonder ontdekt te worden. Alle novicen bewegen in het geheim door hun bewegingen en locaties te markeren op verborgen bladen. De abdis en priores bewegen zich op gereglementeerde paden rond het bord, maar kunnen afwijken en novices achtervolgen die ze zien of horen. De speler of spelers die hun geheime wensen vervullen en terugkeren naar hun kamers winnen, of de Abdis en Priores winnen als ze een bepaald aantal novices vangen.
