Gregor Mendel is de 19e-eeuwse augustijner monnik aan wie de ontdekking van moderne genetica wordt toegeschreven. In Genotype speel je als zijn assistenten en wedijver je om experimentele gegevens over erwtenplanten te verzamelen door te proberen te bepalen hoe de planten de belangrijkste eigenschappen van hun ouders erven: zaadvorm, bloemkleur, stengelkleur en planthoogte. De waarneembare eigenschappen van een erwtenplant (het fenotype) worden bepaald door de genetische samenstelling (het genotype). De relatie tussen genotype en fenotype en de aard van genetische overerving vormen de kern van Genotype: A Mendelian Genetics Game.
Tijdens het spel krijgen spelers plant-kaarten die een reeks fenotype-eigenschappen tonen die ze hopen te produceren en te verzamelen (zoals roze bloemen en grote hoogte) om punten te scoren. Elke ronde worden dobbelstenen gegooid om plantenveredeling te vertegenwoordigen, wat kan resulteren in de eigenschappen waarnaar spelers op zoek zijn. Na de dobbelsteenworp nemen spelers om de beurt dobbelstenen om hun erwtenplantkaarten te voltooien of hun onderzoek te bevorderen.
